A nem egészséges növénynek gyengébbek lesznek a védekező mechanizmusai a gombák, a rovarok és a abioikus stressz ellen, amely kihat a növény növekedésére és minőségére. Az őszi káposztarepcének hasonlóak a kártevői és a betegségei, mint a többi káposztafélék családjába tartozó növénynek.
A kén befolyásolja nem csak a fehétje mennyiségét, hanem a minőségét is a ként tartalmazó aminosavak (cisztein és metionin) szintézisén keresztül. Ezek az aminosavak elővegyületei a koenzimeknek és a glükozinolátoknak. Ez utóbbiak elengedhetetlenek, mert hozzájárulnak a repce károsítókkal szembeni ellenállóképességéhez, bár a túl magas tartalmuk nem teszik lehetővé az olajpogácsa fogyasztását az állatok számára. A jelenlegi "00"-ás fajták glükozinolát tartalma 8 és 15 μmol/g között van.
A jelenléte veszélyt jelent a termésre, de ezen organizmusok által okozott nyomást csökkenteni lehet a szabályoknak megfeleő vetésforgóval. A fertőzöttség mértéke jelentősen csökken a rotációval a harmadik (17%) és a hatodik (33%) év között, ahogy az a táblázat is mutatja.
A gyökérgolyva egyre növekvő probléma az őszi káposztarepce számára. A növények elhervadhatnak a forró, száraz időben, satnyák lesznek és teljesen elhalhatnak.
A gyökérgolyvát egy talajban terjedő gomba okozza, amely minden keresztesvirágú növényt megfertőzhet. A gyökér szöveteit fertőzi meg, melynek következményeként abnormális növekedés jelenkezik a fertőzött részeken. A gyökéren golyva szerű gubacsok gyorsan gyarapodnak; a spórák révén a fertőzés átkerülhet más területekre is.
A talajban ezek a spórák akár tíz évig is életképesek, megfertőzhetnek minden későbbi káposztafélét, melyet a vetésforgó során termesztünk. Néhány gombaölő szer rendelkezésre áll, de ezek változó hatékonyságúak és nem elérhető minden országban. A rezisztens fajták elérhetősége is korlátozott.
Meszezze fel a talajt 7.2 vagy annál nagyobb pH értékre a tápanyag-utánpótlási program keretében, melyben a kalcium-alapú műtrágya segít csökkenteni a fertőzés kockázatát.
A megfelelő rotáció (7 évente) a káposztaféléken belül (őszi káposztarepce, káposztafélék) csökkentheti a gyökérgolyva kialakulását, akárcsak az olyan tevékenységek, melyek minimalizálják a fertőzött talaj terjeszkedését (jobb vízelvezetés, keresztesvirágú gyomok gyérítése).
A fehérpenészes rothadás az őszi káposztarepce egyik legártalmasabb betegsége. A fertőzés súlyossága évről évre változhat, az időjárástól függően, de régiónként, vagy akár termőterületenként is eltérő lehet. Ahogy a repce termőterülete növekszik, úgy válik egyre súlyosabbá a probléma. A fehérpenész kialakulásának oka lehet a nem megfelelő vetésszerkezet és/vagy a sűrűbb levélzet. A betegség kialakulásának a nedves időjárás kedvez.
A fertőzés a repce virágzásakor fordul elő. A száron, a szárelágazásoknál világosbarna megnyúlt foltok képződnek. A szár belsejében fehér micéliumszövedék alakul ki. A szárban, néha annak felületén is nagyszámú kemény szklerócium jön létre. A fertőzött szárakon a becők fehérek. A fehérpenészes rothadás következményeként a termés csökken.
A túlzott nitrogen műtrágyázás kedvez a fehérpenészes rothadás kialakulásához amellett, hogy késlelteti a termés érését. Talajvizsgálat szükséges a talaj tápanyag-tartalmának megállapításához, mely alapján meghatározható a kijuttatandó nitrogentartalmú műtrágya mennyisége.
Számos rovar hatással lehet az őszi káposztarepce növekedésére, fejlődésére.
Repcefénybogár (Meligethes aeneus)
Az őszi káposztarepce rovarkártevői közül a legismertebb és az egyik legnagyobb károkozásra képes faj. A legnagyobb kártételre a repce zöldbimbós állapotában képesek. A lárvák elsősorban virágport fogyasztanak, ám a virágpor szöveteibe is berágnak. A kártevők hatására csökken a becők száma, mely a termés minőségének és mennyiségének a csökkenéséhez vezet.
A repcebecőormányos (Ceutorhynchus assimilis) és a repcebecő-gubacsszúnyog (Dasineura brassicae)
Az imágó tavasszal a növény szárát, a leveleket és a különböző fejlettségű bimbókat támadja meg.A lárva, amely a fő kártevő a becőben él és a magvakat rágja. A károsodott becő korábban érik, magtermése lehull.
Nagy repcebolha (Psylloides chrysocephala)
Az imágó ősszel a növény levelének lyuggatásával, tavasszal a szár és a félig érett becő rágcsálásával okoz károkat. A lárvákkal fertőzött levelek elsárgulnak, a zöldlevél felület csökken. A szárak gyengülésével a növény életereje csökken.
Zöld őszibarack levéltetű (Myzus persicae)
Az ősz folyamán költözik a repcébe és átviheti a sárga törpülés vírust a gyökérzöldségekből.